На территории кладбища ранее находились два храма: деревянный Преображенский храм, построенный в 1872 году по проекту архитектора П. Ю. Сюзора и освященный 19 ноября того же года, и Казанская церковь, возведенная в 1902-1905 годах по проекту архитектора В. Демяновского и освященная в 1905 году. Преображенский храм был закрыт в 1929 году и позднее разобран, а Казанская церковь была закрыта в 1928 году и вскоре снесена. Кладбище, на котором они располагались, стало известно как «Кладбище Памяти жертв 9 января» в честь похороненных там жертв расстрела. Один из храмов – церковь святого благоверного князя Александра Невского, расположенная на воинском участке, была передана старообрядцам в 1983 году.
В 2001-2002 годах православная община построила небольшую деревянную часовню в восточной части некрополя, рядом с железной дорогой. Часовня была освящена в честь праздника Преображения Господня, в память о первоначальном кладбищенском храме.